Krakowski Instytut Pamięci Narodowej zakończył następny etap prac poszukiwawczych. We września 2021 r. zespół Biura Poszukiwań i Identyfikacji prowadził działania w Nowym Targu, Nowym Sączu i Krakowie. Po tegorocznych pracach w Zagórzu i Nieporazie (pow. chrzanowski, 10-13 maja 2021 r.), podczas których historycy starali się odnaleźć mogiły polskich żołnierzy poległych we wrześniu 1939 r. oraz po zamknięciu drugiego etapu prac archeologicznych przy dawnej siedzibie gestapo w Zakopanem (19-30 lipca), przez dwa tygodnie września zespół Biura Poszukiwań i Identyfikacji IPN prowadził poszukiwania żołnierzy powojennego podziemia niepodległościowego, poległych w walce lub straconych z wyroków komunistycznych sądów. Wszystkie działania realizowane były w ramach śledztw Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu Instytutu Pamięci Narodowej w Krakowie.
W dniach 6-7 września 2021 r. trwały prace na cmentarzu komunalnym w Nowym Targu, w czasie których poszukiwani byli, zabici w walce z funkcjonariuszami UB, dwaj partyzanci oddziału „Wiarusy”. Udało się natrafić na szczątki dwóch osób, przy których odnaleziono resztki mundurów wojskowych, pas główny oraz medalik w kształcie ryngrafu. Następnym miejscem, w którym prowadzono poszukiwania był cmentarz komunalny w Nowym Sączu. Tam z kolei sprawdzane były groby, w których – według relacji – miały się znajdować szczątki partyzantów, zastrzelonych w czasie działań bezpieki w latach 50. XX wieku. Podczas prac trwających od 8 do 10 września ekshumowano łącznie szczątki czterech osób, które przekazano do dalszych badań w krakowskim Zakładzie Medycyny Sądowej. Ostatnią część prac przeprowadzono w dniach 13, 15 i 16 września na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Poszukiwano szczątków osób związanych m.in. z Armią Krajową i oddziałem „Błyskawica”, które zginęły na skutek akcji bezpieki oraz skazane były na kary śmierci przez Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie. Zabezpieczono łącznie szczątki pięciu osób, które obecnie badane są przez medyków sądowych.