Niedawno zakończony został pierwszy etap budowy Kwatery Wojennej Żołnierzy Podziemia Niepodległościowego 1939-1963, która znajduje się na terenie cmentarza przy ul. Bp. Prandoty. Kwaterę sfinansował Instytut Pamięci Narodowej, który w trakcie jej budowy współpracował z wojewodą małopolskim oraz Zarządem Cmentarzy Komunalnych i Miastem Kraków.
Kwatera będzie miejscem spoczynku szczątków żołnierzy podziemia niepodległościowego, którzy polegli w walce z okupantem niemieckim i sowieckim bądź zostali zamordowani w akcjach represyjnych lub w wyniku innych zbrodni w czasie wojny. Spoczną tam także osoby, które straciły życie w walce lub w wyniku represji za działalność niepodległościową w czasach komunizmu i zniewolenia Polski w latach 1944-1989. Głównym elementem rzeźbiarskim kwatery jest granitowa ściana z wizerunkiem ukoronowanego orła wojskowego. Nierówno wysunięte bloki ściany symbolizują wysiłek walczących o niepodległość i wolność Polski. Całość zwieńczona jest napisem: „WIERNYM SYNOM OJCZYZNY”.
Pod orłem umieszczone zostały jako motto słowa ks. Gurgacza, skierowane w 1949 r. do komunistycznego sądu: „Każda kropla krwi niewinnie przelanej zrodzi tysiące przeciwników i obróci się wam na zgubę”.
Z chwilą złożenia trumien do komór grobowych miejsce to uzyska oficjalny status grobu wojennego, pozostającego pod opieką Rzeczypospolitej Polskiej.
Projekt architektoniczny i koncepcję kwatery przygotował Dominik Dousa w konsultacji z pracownikami Instytutu Pamięci Narodowej. Wizerunek graficzny orła został wypracowany w kooperacji grafika Wojciecha Mazura z pracownikami Biura Upamiętniania Walk i Męczeństwa krakowskiego oddziału Instytutu Pamięci Narodowej.